Genome-wide study of DNA methylation shows alterations in metabolic, inflammatory, and cholesterol pathways in ALS
Paul Hop
,
Ramona Zwamborn
(1)
,
Eilis Hannon
,
Gemma Shireby
,
Marta Nabais
,
Emma Walker
,
Wouter van Rheenen
,
Joke van Vugt
(2)
,
Annelot Dekker
,
Henk-Jan Westeneng
,
Gijs Tazelaar
,
Kristel van Eijk
(1)
,
Matthieu Moisse
,
Denis Baird
,
Ahmad Al Khleifat
,
Alfredo Iacoangeli
(3, 4, 5)
,
Nicola Ticozzi
(6, 7)
,
Antonia Ratti
,
Jonathan Cooper-Knock
,
Karen Morrison
,
Pamela Shaw
(8)
,
a Nazli Basak
(9)
,
Adriano Chiò
(10)
,
Adriano Chio
(10, 11)
,
Andrea Calvo
,
Cristina Moglia
,
Antonio Canosa
,
Maura Brunetti
,
Maurizio Grassano
,
Marc Gotkine
,
Yossef Lerner
,
Michal Zabari
,
Patrick Vourc'H
(12, 13)
,
Philippe Corcia
(13)
,
Philippe Couratier
,
Jesus Mora Pardina
,
Teresa Salas
,
Patrick Dion
,
Jay Ross
,
Robert Henderson
,
Susan Mathers
,
Pamela Mccombe
,
Merrilee Needham
,
Garth Nicholson
,
Dominic Rowe
,
Roger Pamphlett
,
Karen Mather
,
Perminder Sachdev
,
Sarah Furlong
,
Fleur Garton
,
Anjali Henders
,
Tian Lin
,
Shyuan Ngo
,
Frederik Steyn
,
Leanne Wallace
,
Kelly Williams
,
Miguel Mitne Neto
,
Ruben Cauchi
,
Ian Blair
,
Matthew Kiernan
,
Vivian Drory
,
Monica Povedano
,
Mamede de Carvalho
,
Susana Pinto
,
Markus Weber
,
Guy Rouleau
,
Vincenzo Silani
,
John Landers
,
Christopher Shaw
,
Peter Andersen
,
Allan Mcrae
,
Michael van Es
,
R Jeroen Pasterkamp
,
Naomi Wray
,
Naomi Wray
,
Russell Mclaughlin
,
Orla Hardiman
,
Orla Hardiman
,
Kevin Kenna
,
Ellen Tsai
,
Heiko Runz
,
Ammar Al-Chalabi
,
Ammar Al-Chalabi
,
Leonard van den Berg
,
Leonard van den Berg
,
Philip van Damme
,
Jonathan Mill
,
Jonathan Mill
,
Jan Veldink
,
Jan Veldink
,
Jan Veldink
,
Ramona A.J. Zwamborn
,
Joke J.F.A. van Vugt
,
Gijs H.P. Tazelaar
,
A. Nazli Basak
,
Patrick Vourc’h
,
R. Jeroen Pasterkamp
,
Bastiaan Heijmans
,
Peter A.C. T Hoen
,
Joyce van Meurs
,
Rick Jansen
,
Lude Franke
,
Dorret Boomsma
,
Rene Pool
,
Jenny van Dongen
,
Joukje Hottenga
,
Marleen M.J. van Greevenbroek
,
Coen D.A. Stehouwer
,
Carla J.H. van der Kallen
,
Casper Schalkwijk
,
Cisca Wijmenga
,
Lude Franke
,
Sasha Zhernakova
,
Ettje Tigchelaar
,
P. Eline Slagboom
,
Marian Beekman
,
Joris Deelen
,
Diana van Heemst
,
Cornelia van Duijn
,
Bert Hofman
,
Aaron Isaacs
,
Andre Uitterlinden
,
Joyce van Meurs
,
P. Mila Jhamai
,
Michael Verbiest
,
H. Eka D. Suchiman
,
Marijn Verkerk
,
Ruud van der Breggen
,
Jeroen van Rooij
,
Nico Lakenberg
,
Hailiang Mei
,
Maarten van Iterson
,
Michiel van Galen
,
Jan Bot
,
Dasha Zhernakova
,
Rick Jansen
,
Patrick Deelen
,
Irene Nooren
,
Peter A.C. T Hoen
,
Bastiaan Heijmans
,
Matthijs Moed
,
Lude Franke
,
Martijn Vermaat
,
Dasha Zhernakova
,
Rene Luijk
,
Marc Jan Bonder
,
Maarten van Iterson
,
Patrick Deelen
,
Freerk van Dijk
,
Michiel van Galen
,
Wibowo Arindrarto
,
Szymon Kielbasa
,
Morris Swertz
,
Erik van Zwet
,
Rick Jansen
,
Peter A.C. T Hoen
,
Bastiaan Heijmans
,
Gilbert Bensimon
,
George Davey Smith
1
Department of Neurology, Rudolf Magnus Institute of Neuroscience, University Medical Centre Utrecht
2 University Medical Center [Utrecht]
3 Maurice Wohl Clinical Neuroscience Institut
4 Institute of Psychiatry, Psychology & Neuroscience, King's College London
5 NIHR Biomedical Research Centre [London]
6 IAI - Istituto Auxologico Italiano IRCCS Ospedale San Luca [Milan, Italy]
7 Centro Dino Ferrari [Milano]
8 The Institute of Neuroscience [Sheffield]
9 Koç University
10 UNITO - Università degli studi di Torino = University of Turin
11 A.O.U - Città della Salute e della Scienza di Torino
12 Laboratoire de Biochimie [CHRU Tours]
13 iBraiN - Imaging, Brain & Neuropsychiatry
2 University Medical Center [Utrecht]
3 Maurice Wohl Clinical Neuroscience Institut
4 Institute of Psychiatry, Psychology & Neuroscience, King's College London
5 NIHR Biomedical Research Centre [London]
6 IAI - Istituto Auxologico Italiano IRCCS Ospedale San Luca [Milan, Italy]
7 Centro Dino Ferrari [Milano]
8 The Institute of Neuroscience [Sheffield]
9 Koç University
10 UNITO - Università degli studi di Torino = University of Turin
11 A.O.U - Città della Salute e della Scienza di Torino
12 Laboratoire de Biochimie [CHRU Tours]
13 iBraiN - Imaging, Brain & Neuropsychiatry
Paul Hop
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215632
- ORCID : 0000-0002-9007-7436
Eilis Hannon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215583
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Gemma Shireby
- Fonction : Auteur
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Marta Nabais
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215634
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Emma Walker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215635
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Wouter van Rheenen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215578
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Annelot Dekker
- Fonction : Auteur
Henk-Jan Westeneng
- Fonction : Auteur
Gijs Tazelaar
- Fonction : Auteur
Matthieu Moisse
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215636
- ORCID : 0000-0001-8880-9311
Denis Baird
- Fonction : Auteur
Ahmad Al Khleifat
- Fonction : Auteur
Nicola Ticozzi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215588
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Antonia Ratti
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215637
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Jonathan Cooper-Knock
- Fonction : Auteur
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Karen Morrison
- Fonction : Auteur
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Pamela Shaw
- Fonction : Auteur
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Adriano Chiò
- Fonction : Auteur
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Andrea Calvo
- Fonction : Auteur
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Cristina Moglia
- Fonction : Auteur
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Antonio Canosa
- Fonction : Auteur
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Maura Brunetti
- Fonction : Auteur
Maurizio Grassano
- Fonction : Auteur
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Marc Gotkine
- Fonction : Auteur
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Yossef Lerner
- Fonction : Auteur
Michal Zabari
- Fonction : Auteur
Patrick Vourc'H
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215657
- IdHAL : patrick-vourch
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Philippe Couratier
- Fonction : Auteur
Jesus Mora Pardina
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215642
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Teresa Salas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215643
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Patrick Dion
- Fonction : Auteur
Jay Ross
- Fonction : Auteur
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Robert Henderson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215644
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Susan Mathers
- Fonction : Auteur
Pamela Mccombe
- Fonction : Auteur
Merrilee Needham
- Fonction : Auteur
Garth Nicholson
- Fonction : Auteur
Dominic Rowe
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215614
- ORCID : 0000-0003-0912-2146
Roger Pamphlett
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215613
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Karen Mather
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215616
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Perminder Sachdev
- Fonction : Auteur
- PersonId : 778032
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Sarah Furlong
- Fonction : Auteur
Fleur Garton
- Fonction : Auteur
Anjali Henders
- Fonction : Auteur
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Tian Lin
- Fonction : Auteur
Shyuan Ngo
- Fonction : Auteur
Frederik Steyn
- Fonction : Auteur
Leanne Wallace
- Fonction : Auteur
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Kelly Williams
- Fonction : Auteur
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Miguel Mitne Neto
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Ruben Cauchi
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Ian Blair
- Fonction : Auteur
Matthew Kiernan
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Vivian Drory
- Fonction : Auteur
Monica Povedano
- Fonction : Auteur
Mamede de Carvalho
- Fonction : Auteur
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Susana Pinto
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Markus Weber
- Fonction : Auteur
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Guy Rouleau
- Fonction : Auteur
Vincenzo Silani
- Fonction : Auteur
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John Landers
- Fonction : Auteur
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Christopher Shaw
- Fonction : Auteur
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Peter Andersen
- Fonction : Auteur
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Allan Mcrae
- Fonction : Auteur
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Michael van Es
- Fonction : Auteur
R Jeroen Pasterkamp
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Naomi Wray
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Naomi Wray
- Fonction : Auteur
Russell Mclaughlin
- Fonction : Auteur
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Orla Hardiman
- Fonction : Auteur
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Orla Hardiman
- Fonction : Auteur
Kevin Kenna
- Fonction : Auteur
Ellen Tsai
- Fonction : Auteur
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Heiko Runz
- Fonction : Auteur
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Ammar Al-Chalabi
- Fonction : Auteur
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Ammar Al-Chalabi
- Fonction : Auteur
Leonard van den Berg
- Fonction : Auteur
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Leonard van den Berg
- Fonction : Auteur
Philip van Damme
- Fonction : Auteur
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Jonathan Mill
- Fonction : Auteur
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Jonathan Mill
- Fonction : Auteur
Jan Veldink
- Fonction : Auteur
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Jan Veldink
- Fonction : Auteur
Jan Veldink
- Fonction : Auteur
Ramona A.J. Zwamborn
- Fonction : Auteur
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Joke J.F.A. van Vugt
- Fonction : Auteur
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Gijs H.P. Tazelaar
- Fonction : Auteur
A. Nazli Basak
- Fonction : Auteur
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Patrick Vourc’h
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : patrick-vourch
- ORCID : 0000-0001-7960-8139
R. Jeroen Pasterkamp
- Fonction : Auteur
Bastiaan Heijmans
- Fonction : Auteur
Peter A.C. T Hoen
- Fonction : Auteur
Joyce van Meurs
- Fonction : Auteur
Rick Jansen
- Fonction : Auteur
Lude Franke
- Fonction : Auteur
Dorret Boomsma
- Fonction : Auteur
Rene Pool
- Fonction : Auteur
Jenny van Dongen
- Fonction : Auteur
Joukje Hottenga
- Fonction : Auteur
Marleen M.J. van Greevenbroek
- Fonction : Auteur
Coen D.A. Stehouwer
- Fonction : Auteur
Carla J.H. van der Kallen
- Fonction : Auteur
Casper Schalkwijk
- Fonction : Auteur
Cisca Wijmenga
- Fonction : Auteur
Lude Franke
- Fonction : Auteur
Sasha Zhernakova
- Fonction : Auteur
Ettje Tigchelaar
- Fonction : Auteur
P. Eline Slagboom
- Fonction : Auteur
Marian Beekman
- Fonction : Auteur
Joris Deelen
- Fonction : Auteur
Diana van Heemst
- Fonction : Auteur
Cornelia van Duijn
- Fonction : Auteur
Bert Hofman
- Fonction : Auteur
Aaron Isaacs
- Fonction : Auteur
Andre Uitterlinden
- Fonction : Auteur
Joyce van Meurs
- Fonction : Auteur
P. Mila Jhamai
- Fonction : Auteur
Michael Verbiest
- Fonction : Auteur
H. Eka D. Suchiman
- Fonction : Auteur
Marijn Verkerk
- Fonction : Auteur
Ruud van der Breggen
- Fonction : Auteur
Jeroen van Rooij
- Fonction : Auteur
Nico Lakenberg
- Fonction : Auteur
Hailiang Mei
- Fonction : Auteur
Maarten van Iterson
- Fonction : Auteur
Michiel van Galen
- Fonction : Auteur
Jan Bot
- Fonction : Auteur
Dasha Zhernakova
- Fonction : Auteur
Rick Jansen
- Fonction : Auteur
Patrick Deelen
- Fonction : Auteur
Irene Nooren
- Fonction : Auteur
Peter A.C. T Hoen
- Fonction : Auteur
Bastiaan Heijmans
- Fonction : Auteur
Matthijs Moed
- Fonction : Auteur
Lude Franke
- Fonction : Auteur
Martijn Vermaat
- Fonction : Auteur
Dasha Zhernakova
- Fonction : Auteur
Rene Luijk
- Fonction : Auteur
Marc Jan Bonder
- Fonction : Auteur
Maarten van Iterson
- Fonction : Auteur
Patrick Deelen
- Fonction : Auteur
Freerk van Dijk
- Fonction : Auteur
Michiel van Galen
- Fonction : Auteur
Wibowo Arindrarto
- Fonction : Auteur
Szymon Kielbasa
- Fonction : Auteur
Morris Swertz
- Fonction : Auteur
Erik van Zwet
- Fonction : Auteur
Rick Jansen
- Fonction : Auteur
Peter A.C. T Hoen
- Fonction : Auteur
Bastiaan Heijmans
- Fonction : Auteur
Gilbert Bensimon
- Fonction : Auteur
George Davey Smith
- Fonction : Auteur
Résumé
Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a fatal neurodegenerative disease with an estimated heritability between 40 and 50%. DNA methylation patterns can serve as proxies of (past) exposures and disease progression, as well as providing a potential mechanism that mediates genetic or environmental risk. Here, we present a blood-based epigenome-wide association study meta-analysis in 9706 samples passing stringent quality control (6763 patients, 2943 controls). We identified a total of 45 differentially methylated positions (DMPs) annotated to 42 genes, which are enriched for pathways and traits related to metabolism, cholesterol biosynthesis, and immunity. We then tested 39 DNA methylation–based proxies of putative ALS risk factors and found that high-density lipoprotein cholesterol, body mass index, white blood cell proportions, and alcohol intake were independently associated with ALS. Integration of these results with our latest genome-wide association study showed that cholesterol biosynthesis was potentially causally related to ALS. Last, DNA methylation at several DMPs and blood cell proportion estimates derived from DNA methylation data were associated with survival rate in patients, suggesting that they might represent indicators of underlying disease processes potentially amenable to therapeutic interventions.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)